exCampusのメール文字コードは、ファイルの文字コードであるEUCをそのまま、送出しているようです。これをUTFなどの文字コードに変換した場合、メール本文はＵＴＦになるものの、ｓｕｂｊｅｃｔなどメールヘッダが変換されないようなのです。
ほかにも原因があるのかもしれませんが、ともかくメールの文字コード変換について調べてみました。

メール送出スクリプトであるautomailer.plをみると、文字コード変換ライブラリjcode.plが読み込まれているものの、肝心のsubjectやbody部分の変換はコメントアウトされています。
#jcode::convert　・・・・
またjcodeライブラリは、jisやeucの変換はできるものの、utfへの変換はできません。Perlの最新バージョン5.8では、あらかじめライブラリサイトからダウンロードしておくと、Jcode.pmを使うことができ、これでutfへ変換ができるようです。
use Jcode;
Jcode->new($_, ‘euc’)->Utf-8;
でいいのかな。
http://www.netfort.gr.jp/~kiyoka/jcode_intro/など参考